Papież Jan XXIII zwołując Sobór zaprosił do uczestniczenia w jego obradach niekatolickich obserwatorów. Przez swoją obecność i rozmowy w kuluarach znacznie przyczynili się do podjęcia przez Ojców Soboru kwestii ekumenii w odrębnym dekrecie.
Ruch ekumeniczny zapoczątkowały Kościoły protestanckie i prawosławne. I to jest chyba łaska Ducha Świętego, że nie zabrał się za to Kościół katolicki. Na początku XX w., gdy ruch stawał się coraz prężniejszy, papież Pius XI zakazał katolikom uczestniczenia w nabożeństwach ekumenicznych. I trzeba było kilku odważnych teologów, duchownych i świeckich, by tę niechęć do dążenia do bycia razem przezwyciężyć.
Najważniejszymi ustaleniami dekretu ekumenicznego i całego soboru było dostrzeżenie eklezjalnego statusu innych Kościołów i Wspólnot chrześcijańskich oraz odejście od ekskluzywizmu, od przypisywania tylko sobie godności Kościoła Chrystusowego, a także uznanie, że Kościół jest w drodze do swego ostatecznego przeznaczenia, którym jest Trójjedyny Bóg. Tym samym Kościół nie jest celem samym w sobie, wymaga ustawicznego odnawiania się. Do odkryć soborowych należy także idea hierarchii prawd. Postuluje ona odnalezienie zmysłu proporcji. Uczy odróżnić to, co jest naprawdę ważne i co stanowi centrum wiary chrześcijańskiej, od tego, co jest drugorzędne i peryferyjne.
Różne też były oceny tego dokumentu ze strony dwóch głównych partnerów ekumenii, czyli Kościoła Wschodniego i wspólnot wyrosłych z reformacji. Dla prawosławnych doniosłe były twierdzenia inspirowane większą wrażliwością na działanie Ducha Świętego oraz pojawiającego się elementy synodalne i kolegialne. Duże nadzieje budziło uznanie Kościoła Wschodniego w jego godności kościelnej, a zwłaszcza pojawienie się kategorii Kościołów siostrzanych. Jeśli chodzi o wspólnoty protestanckie, bardzo istotny był akcent położony na rolę Pisma Świętego oraz idea hierarchii prawd. Elementem docenianym przez obie strony było położenie akcentu na Kościół lokalny, na jego charyzmaty i bogactwa.
Ojcowie Soboru wzywają wszystkich swoich wiernych do brania udziału w ekumenicznych wysiłkach. Przede wszystkim ma to się objawić w modlitwie o jedność chrześcijan. Ponadto w poznawaniu doktryny innych wyznań, pogłębianiu swojej i dialogu prowadzonego w duchu miłości pokoju. Przyznają też, że ten święty plan pojednania wszystkich chrześcijan w jedności jednego i jedynego Kościoła Chrystusowego przekracza ludzkie siły i zdolności. Toteż nadzieję swą pokłada całkowicie w modlitwie Chrystusa za Kościół, w miłości Ojca ku nam, w mocy Ducha Świętego.
Po pełnym nadziei okresie po soborze, jak zauważają znawcy ekumenie nastał pewien regres. Może to i dobrze, że proces dążenia do jedności przez rozpoznanie o jaką jedność chodzi, dokonuje się w powolnym procesie. W doktrynie można się spotkać z trzema modelami jedności kościelnej. Pierwszy to widzenie chrześcijaństwa jako wspólnoty soborowej, w której dochodzenie do prawdy odbywa się w sposób synodalny, kolegialny. Drugim modelem jest pojednana różnorodność. Ma on w sobie intuicję, że jedność musi iść w parze z różnorodnością, że jest bogactwem darów Ducha Świętego. Trzeci model - wspólnoty Kościołów siostrzanych, polegający na wzajemnym uznaniu, braku podporządkowaniu jednego Kościoła drugiemu.
Obok dokumentu soborowego później powstały jeszcze inne teksty dotykające w swojej materii kwestii ekumenicznych. Jedne - jak deklaracja Dominus Iesus autorstwa Kongregacji do spraw Wiary pod przewodnictwem przyszłego papieża Ratzingera, zostały odebrane jako zamach na dążenia do pełnej jedności, inne - jak encyklika Ut unum sint Jana Pawła II, jako kolejny krok do pełnego zbliżenia. W tej encyklice papież podejmuje ważny aspekt ekumeniczny - ideę Piotrowego prymatu papieża. Jest to kwestia drażliwa dla innych wyznań, które nie chcą widzieć pełnej jedności jako dobrowolnego poddania się władzy następcy św. Piotra. Papież rozwija ideę prymatu polegającego na własnym nawracaniu i umacnianiu w wierze, opartymi na autorytecie, a nie na posiadanej władzy.
W Polsce odprawiane są w styczniu tygodnie modlitwy o jedność chrześcijan, na których spotykają się w różnych świątyniach przedstawiciele wszystkich wyznań. Powinny one służyć poznaniu drugiego człowieka w jego perspektywie wiary, a nie przymuszania go do jakiejś nowej formy. Wszak ekumenizm zaczyna się od metanoi każdego z nas.