Wdziejach liturgii chrześcijańskiej można odnaleźć wiele przykładów Modlitw Eucharystycznych różniących się od siebie nie tylko treścią i stylem, ale także strukturą. Ten fakt świadczy o tym, że nie istniał i nie istnieje jeden ogólnie obowiązujący i jedynie dopuszczalny schemat struktury tej centralnej części Mszy Świętej, choć niektóre ze znanych dziś schematów dominowały przez wiele wieków w praktyce liturgicznej, jak np. Kanon Rzymski, czyli I Modlitwa Eucharystyczna. Wraz z potrzebą pojawienia się nowych Modlitw Eucharystycznych w XX w. opracowano pewien ogólny zarys – schemat budowy tej modlitwy. Według niego zbudowany jest Kanon Rzymski i nowe, powstające po Soborze Watykańskim II, modlitwy. Schemat ten zawiera prawie same trudne wyrazy, czasem z upodobaniem używane przez liturgistów. Przybliżmy więc go sobie, aby i owe „trudne wyrazy” przestały być trudne i niezrozumiałe.

Ogólny schemat budowy Modlitwy Eucharystycznej to:

– Prefacja wraz z Sanctus – zwyczajem wszystkich żydowskich uczt było, że pod jej koniec ojciec rodziny lub ktoś, kto go zastępował, w imieniu zebranych przy stole brał do ręki kielich z winem i wypowiadał uroczystą modlitwę dziękczynienia. Tak uczynił także Jezus w czasie Ostatniej Wieczerzy. Kościół poszedł za Jego przykładem i w centrum swej liturgicznej modlitwy umieścił uroczystą modlitwę dziękczynienia, od której wzięła nazwę całość liturgii mszalnej: eucharystia – dziękczynienie. Przedmiotem uwielbienia w Prefacji jest dzieło zbawcze Jezusa Chrystusa, czasem wspominane na tle streszczenia całej historii zbawienia. 

– Postsanctus – po zakończeniu hymnu „Święty” następuje formuła (dosłownie „Po Święty”), która stanowi przejście do następnego elementu modlitwy. Jej zadaniem jest w krótkich słowach ukazać wiernym fakt, że w działaniu zbawczym Boga istnieje jedność pomiędzy przeszłością i teraźniejszością, a Bóg zawsze wierny swym obietnicom działa dla naszego uświęcenia.

– Epikleza konsekracyjna – epikleza to „wezwanie Bożego Imienia nad osobą lub rzeczą, poprzez które dana osoba lub rzecz zostaje napełniona Boską mocą” (definicja O. Casela). W Eucharystii epikleza konsekracyjna jest prośbą do Boga o zesłanie Ducha Świętego, aby Ten uczynił chleb i wino Ciałem i Krwią Chrystusa. Przez Chrystusa w Duchu Świętym Ojciec uobecnia dzieło zbawcze.

– Konsekracja – to inaczej opis ustanowienia Eucharystii, na który składają się opowiadanie, czyli narracja (różna w różnych ME) oraz słowa Pana „Bierzcie i jedzcie…, bierzcie i pijcie…), będące kompilacją z różnych tradycji nowotestamentowych (we wszystkich ME te słowa są takie same).

– Anamneza i złożenie Ofiary – anamneza (hebr. zikkaron) to inaczej „uobecniająca pamiątka”, czyli skuteczne wspominanie dzieł Bożych, poprzez które dzięki wierze dostępuje się skutków wspominanych zbawczych wydarzeń. Kościół stosuje się tutaj do nakazu Chrystusa „To czyńcie na Moją pamiątkę” i poprzez sakrament bierze udział w Jego dziele zbawczym, szczególnie męce, śmierci i zmartwychwstaniu. Swoistym streszczeniem Paschy Chrystusa są występujące w tym miejscu aklamacje ludu np. „Chrystus umarł, Chrystus zmartwychwstał, Chrystus powróci”. 

– Epikleza komunijna – to prośba zanoszona za zebranych na liturgii członków Kościoła pielgrzymującego. To Duch Święty jednoczy zebranych członków Kościoła, a przez spożywanie Ciała i Krwi Pańskiej mamy stać się jednym Ciałem Chrystusa.

– Kommemoracja Świętych i intercesje – jako następny element występuje wspomnienie świętych oraz modlitwy wstawiennicze za Kościół pielgrzymujący i cierpiący. Zwyczaj łączenia eucharystycznego dziękczynienia z modlitwą wstawienniczą ma swoje korzenie w ucztach starotestamentalnych.

– Doksologia końcowa „Per Ipsum” („przez Niego”) – wszystkie Anafory kończą się słowami uwielbienia zaczerpniętymi z Kanonu Rzymskiego. Doksologia streszcza wszystkie nasze modlitwy i czynności, które mają miejsce w czasie sprawowania Eucharystii. „Przez Chrystusa” – naszego jedynego Pośrednika, „z Chrystusem” – jedynym Kapłanem, który ofiarował samego siebie, „i w Chrystusie” – jako członki Jego Ciała – Kościoła składamy Bogu Ojcu Chrystusową i naszą ofiarę.