Aklamację Kyrie elejson znały i szeroko stosowały społeczności pogańskie, szczególnie odnosząc ją do słońca. Była to swoista modlitwa pogańska. Czciciele „Niezwyciężonego Słońca” codziennie rano śpiewali tę pieśń na dachach swych domów, pozdrawiając w ten sposób swego boga. W Persji okrzykiem Kyrie elejson witano nowego króla. Znaczenie tego okrzyku zbliżone było do radosnego Hosanna: Niech żyje król, niech żyje na wieki! Józef Flawiusz w „De bello iudaico” wspomina o stosowaniu takiej aklamacji przy pojawieniu się króla, a towarzyszył jej gest uniesienia prawej ręki. Tytułu Kyrios używali królowie Agrypa I i Agrypa II.

Na Zachodzie odnoszono słowo Kyrios do cesarzy. Słowami Kyrie elejson witano cesarza przy pojawieniu się z okazji odwiedzin miasta. Okrzyki te rozlegały się także w czasie ingresu naczelnego wodza po zwycięskiej wojnie lub bitwie. Ingres taki nosił nazwę tryumfu. Tryumf był najwyższym wyróżnieniem wodza rzymskiego przyznawanym przez senat po spełnieniu odpowiednich warunków (niższej rangi wyróżnienie nosiło nazwę owacji). Wyróżnienie to posiadało specjalną uroczystą oprawę zewnętrzną. W pochodzie zwycięskiego wodza na Kapitol, w celu złożenia ofiary Jowiszowi, kroczyli senatorowie, urzędnicy, niesiono maski i figury przedstawiające pojmanych wrogów. Wódz wjeżdżał na rydwanie zaprzężonym w cztery białe konie w uroczystym stroju, czyli haftowanej todze, w wieńcu laurowym, z berłem. Podczas pochodu na Kapitol licznie zgromadzeni mieszkańcy Rzymu pozdrawiali wodza słowami Kyrie elejson. Odpowiedzią na ten okrzyk było często rozrzucanie pieniędzy na znak łaskawości i miłosierdzia. Tą aklamacją także podbity na wojnie lud prosił wodza o miłosierdzie nad nimi. Tam, gdzie słowami Kyrie elejson proszono o zmiłowanie, ustawały grabieże, mordy i gwałty.

Wyrażenia Kyrie elejson me spotykamy w Biblii, np. Ps 6,3; Ps 40,5.11. Aklamacja występuje też w aktach męczeństwa i apokryfach. Świadkiem stosowania jej w liturgii w Jerozolimie jest pątniczka Egeria. Aklamacja ta była złączona z prośbami. W Antiochii wykonywano ją po Ewangelii, po każdej z wymienianych przez diakona próśb zebrani odpowiadali Kyrie elejson. Kościół Zachodni przejął aklamację ze Wschodu prawdopodobnie w V wieku. Papież Gelazy zastąpił stosowaną na Zachodzie modlitwę powszechną właśnie tą formą wezwań błagalnych do Chrystusa i przeniósł ją na początek Eucharystii przed kolektę.

Zarys dziejów Kyrie wskazuje na to, ze jego adresatem był Chrystus: „aby wszelki język wyznał, że Jezus Chrystus jest Panem ku chwale Boga Ojca” (Flp 2,11). Kyrie było aklamacją obecnego w liturgii Zmartwychwstałego Pana. To Chrystus jest prawdziwym Niezwyciężonym Słońcem (por. Łk 1,78; Ap 21,23; Ap 22,5). On jest prawdziwym zwycięzcą nad prawdziwym wrogiem – śmiercią, szatanem i grzechem. On jest hojny w miłosierdzie, którego nam chętnie i bez miary pragnie udzielać. Aklamacja ma w sobie także element prośby, jak w zawołaniu Dobrego Łotra: „Panie wspomnij na mnie, gdy przyjdziesz do swego królestwa” (Łk 23,42). Z czasem ten element prośby zdominował uwielbienie.

W liturgii wszystkie modlitwy kieruje Kościół do Boga Ojca przez Jezusa Chrystusa, Pana naszego. Tytuł „Pan” był przyznawany Jezusowi od samego początku, czego dowodem są wczesnochrześcijańskie wyznania wiary, np. u Św. Pawła: „Panem jest Jezus” (Rz 10,9). Już w Starym Testamencie słowo „Pan” (Adonaj=Kyrios) było nie tylko imieniem królewskim, lecz także imieniem Bożym. Gdy dla większego szacunku zaprzestano wymawiać imię Jahwe, wówczas zastąpiono je określeniem Adonaj. Dlatego prawdopodobnie grecki przekład Biblii – Septuaginta używa rzeczownika Kyrios – greckiego odpowiednika hebrajskiego Adonaj tłumacząc słowo Jahwe. Tak więc tytuł Kyrios posiada sens podwójny: oznacza panowanie Jahwe, ale także nieprzekazywalne nikomu imię jedynego prawdziwego Boga.

Już w czasach papieża Grzegorza Wielkiego w Rzymie był zwyczaj innego niż na Wschodzie wykonywania aklamacji Kyrie. Tutaj śpiewano Kyrie elejson, następnie Chryste elejson oraz Kyrie elejson (na Wschodzie tylko Kyrie elejson). Początkowo liczba powtarzanych aklamacji nie była określona. Liczba powtórzeń była zależna od celebransa. Od VIII wieku utarł się zwyczaj, który potem określiły rubryki: kantor rozpoczyna każdorazowo Kyrie elejson, Chryste elejson, Kyrie elejson, a wierni te wezwania powtarzają. Trzykrotne powtarzanie aklamacji ma więc już swoją długą tradycję.